有机化学专业瞄准国家和国防的重大需求，设计合成新物质、研制新材料，建立先进工业过程等方面的知识体系，为国家和国防科技所涉及的各种化学、材料、新能源及动力等宏观工程领域的关键技术提供基础性科学支撑。围绕航空航天、核工业等国防领域中的有机化学问题并结合环境、生物、能源等前沿领域的需求开展研究，形成：
（1）绿色有机合成。针对核工业用同位素和制药领域用头孢菌素等的选择性、低污染转化过程合成出系列固相有机催化剂和酶，揭示了载体结构对负载效率等的影响规律。
（2）空间有机化学。合成了系列抗原子氧有机物，揭示了构效关系，为提高低轨道航天器的服役寿命提供了理论基础。
（3）有机超分子化学。基于环糊精、冠醚、柱芳烃等大环化合物的超分子超支化聚合物纳米自组装体、微凝胶及磁性水凝胶等系列功能性超分子，揭示了包合过程与控制释放原理，为药物的传输、控制释放以及手性物质的合成提供了新的途径。
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